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本所主要發展的重點包含生物人類學、醫學人類學以及護理人類學。
在生物人類學方面，除了基礎的生物(及體質)人類學相關課程之教學外，在研究方面主要有兩個發展主軸，一為族群遺傳學（population genetics），二為族群生物學（ethnobiology）。
在族群遺傳學方面，中程發展（2001-2005）重點為：
- 原住民生物遺傳特性之研究，包括現生族群及古代人骨之人體測量及遺傳基因性狀之確立。
- 原住民各族群間的生物類緣關係之探討。在現有師資中，助理教授陳堯峰及講師陳叔倬，加上本校其他系所的老師(如吳紹基、葉日弋等)，已經完成或正在進行台灣原住民若干遺傳基因指標(如HLA、MtDNA)的建立。中程發展階段中即將進行的為Y-chromosome、pseudo gene、人骨DNA等資料的確認。
長程而言（2006-2010），研究範圍將擴展至東南亞及中國東南及西南少數民族，藉以全面瞭解台灣及其他地區南島民族間的類緣關係，並期望透過對台灣古人類遺傳基因的研究，建構台灣的史前史，並解答原住民起源與擴散的問題。
在族群生物學方面，中程研究重點為台灣各族群的健康（疾病）的生物與環境基礎，此一領域的探討將結合醫學人類學、健康心理學之師資。長程發展重點則為台灣原住民族與東南亞、東亞及美洲少數族群的比較研究。
在醫學/護理人類學方面，本所中程研究重點為東部地區所有族群的健康問題、傳統醫療體系，以及在醫療與護理方面的需求，特別是東部地區較顯著的意外傷害、過度飲酒、肺結核等問題，以及正逐漸出現的高血壓、痛風、口腔或鼻咽癌等問題。在探討這些問題時，除了社會文化因子之外，本所將同時著重生物特性在健康議題上的重要性。在現有師資中，合聘教授許木柱對台灣原住民的酒精使用問題已經累積了相當多的研究成果。本所將在中長程發展階段中，繼續進行探討前述的各種問題。
在護理照顧方面，本所將以跨文化護理（transcultural nursing）的理論為基礎，特別針對各族群（包括漢人及原住民）的社會文化與心理特性，瞭解各族群的疾病行為與醫療照護的特殊需求，並建立符合各族群需要的醫療照護模式。長程研究方面，本所將進行台灣與其他地區(東南亞、美洲)少數族群的比較研究，目的在確認族群文化、健康與醫療照護間的具體關連，進而建立改善各族群健康品質的文化特殊模式（particular model）與普同模式（universal model）。在現有師資中，本所兼任副教授許敏桃（即將轉來本所專任），在文化與失落經驗（如喪偶、流產）方面已經發表了豐富的研究成果，並正進行台灣三族群（漢人、阿美、泰雅）與美國三族群（猶太人、黑人、墨西哥人）之跨國比較研究。本所將在中長程發展階段中，繼續進行跨國比較。
無論是在生物人類學或醫學/護理人類學領域方面，本所將與慈濟醫院及本校相關係所進行密切的科際整合研究。本所的研究將兼顧理論與實際，不僅著重基礎研究，亦將提供關於東部居民醫療服務及社會心理適應的諮詢參考。
除了上述的發展主軸外，本所助理教授羅正心對於台灣民間文化現象，如術數、氣功修煉等，已經累積了三年的研究經驗，這些屬於認知、情感與身體經驗的研究範疇，也將是中長程發展階段的特色，本所將擴展至花東地區特殊的宗教與文化現象，如原住民舞蹈、祭典、巫醫的研究，以與醫學人類學作整合的研究瞭解。